インボイスの登録は義務ではなく、売上先がインボイスを必要とするかどうかで判断します。登録した会社が使ってきた2割特例は2026年9月30日を含む課税期間で終わり、その次の期からは原則課税か簡易課税のどちらかで消費税を計算します。どちらが合うかは来期の売上と経費の見込みで決まるため、下の比較表と、簡易課税の届出の期限を先に確かめておくと安心です。
新設法人は、インボイスに登録したほうがいいですか？
登録するかどうかは事業者の任意です。判断の軸は、売上先がインボイスを必要とするかどうかです。
- 必要としない売上先：一般の消費者、免税事業者、簡易課税や2割特例・3割特例（個人事業者の2027年分・2028年分）で申告している事業者
- 必要とする売上先：上記以外の課税事業者。登録していない会社からの仕入れは、経過措置により2026年10月からの2年間は消費税の70%しか控除できない（国税庁「令和8年度 税制改正特集」）ため、登録を求められることがあります。支払う側の扱いは「外注先がインボイスに登録していなかったら」にまとめています
一方で、登録すると課税事業者になります。資本金1,000万円未満で設立した会社は、本来なら設立第1期と第2期の消費税が原則として免除されますが、登録すればその期間も申告と納税が必要です。設立した期の中で申請すれば、設立日にさかのぼって登録を受けることもできます。免税の仕組みと例外は「池田市で会社を設立したら」にまとめています。
なお、2026年10月1日以後に始まる期に2割特例はなく、これから設立して登録する会社は、最初から原則課税か簡易課税で計算します。
2割特例が終わると、消費税はどう変わりますか？
2割特例は、インボイスへの登録をきっかけに免税事業者から課税事業者になった会社などが、売上にかかる消費税の2割を納めればよいとする経過措置です。使えるのは2026年9月30日を含む課税期間までで、基準期間の課税売上高が1,000万円を超える期や、資本金1,000万円以上の新設法人などは、期間内でも対象外です（国税庁「２割特例 特設ページ」）。
事業年度が1年の会社なら、9月決算は2026年10月1日に始まる期から、12月決算は2027年1月から、3月決算は2027年4月から始まる期から、2割特例が使えなくなります。
2割特例は、売上の消費税から、その80%を差し引くのと同じ計算です。みなし仕入率が80%を下回る業種（国税庁「No.6505 簡易課税制度」）（製造業・建設業、飲食店業、サービス業、不動産業など）だけを営む会社では、同じ売上なら、簡易課税に移ると納める額が増えます。原則課税で増えるかどうかは、消費税がかかる経費の多さによります。
令和8年度の税制改正で、一定の要件を満たす個人事業者には2027年分・2028年分に売上の消費税の3割を納める「3割特例」が設けられましたが、法人は対象外です。個人で登録してきた方が、法人成りや、個人事業と会社を併用するマイクロ法人を考えるときは、個人側の3割特例と会社側の計算を並べて比べることになります。
原則課税と簡易課税は、何で決まりますか？
| 原則課税（一般課税） | 簡易課税 | |
|---|---|---|
| 計算のしかた | 売上の消費税から、仕入れや経費で払った消費税を差し引く | 売上の消費税から「売上の消費税×業種ごとのみなし仕入率」を差し引く |
| 使える会社 | すべての課税事業者 | 基準期間の課税売上高が5,000万円以下の期だけ |
| 仕入れのインボイス | 控除を受けるには保存が必要 | 計算には不要 |
| 大きな設備投資をした期 | 払った消費税が売上の消費税より多ければ還付になる | 通常、還付は生じない |
| 始めるとき・やめるとき | 簡易課税の届出をしていなければ手続きは不要 | 届出が必要（原則は事前）。始めたら2年間はやめられない |
どちらが合うかを決める材料は、次の4つです。
- 売上の規模：基準期間の課税売上高が5,000万円を超える期は、届出を出していても簡易課税を使えません。
- 業種のみなし仕入率：卸売業90%、小売業80%、製造業・建設業など70%、飲食店業など60%、サービス業など50%、不動産業40%です。
- 経費の内訳：役員報酬や給与の支払いは、原則課税でも差し引けません。外注費や仕入れ、事務所の家賃など、消費税がかかる経費が売上に対してどのくらいあるかが分かれ目です。
- 設備投資の予定：車や設備を買う期は、原則課税なら払った消費税を差し引けますが、簡易課税では控除は増えません。
どちらが有利かは会社ごとに違い、同じ会社でも年によって入れ替わる場合があります。
簡易課税の届出は、いつまでに出せばいいですか？
原則は、簡易課税を使いたい期が始まる日の前日までです。今回の切り替わりと登録の判断に関係する例外が3つあります。
- 2割特例で申告した期の、次の期：その次の期の確定申告期限まで（申告期限の延長を受けている法人は延長後の期限まで）に出せば、その期から使えます。令和8年度の改正で設けられた措置です。たとえば3月決算の会社が2027年3月期に2割特例を使い、2028年3月期から簡易課税にする場合、届出は2028年5月31日までです。
- 会社を設立した期：事業を開始した期は、その期の中で出せば、その期から使えます。
- 免税事業者が期の途中でインボイスに登録した期：登録した日から課税事業者になる場合は、その期の中で出せば、その期から使えます（2029年9月30日を含む期までの経過措置）。
注意したいのは、あとから出し直しがきかない点です。簡易課税は始めたら2年間やめられず、やめる届出も、やめたい期が始まる日の前日までです。大きな設備投資を控えているのに簡易課税を選ぶと、買ってからでは原則課税に戻せません。高額な設備を買うと、その後一定の期間は、届出そのものを出せない場合もあります。また、2種類以上の事業をしていて売上を事業ごとに区分していないと、その部分には一番低いみなし仕入率が適用されます。
来期の消費税は、いつ考えておけばいいですか？
2割特例のあいだは、売上が分かれば消費税の額もおおよそ見えました。これからは来期の売上、経費の内訳、設備投資の予定で納める額が変わるため、決算前に来期の数字を置いてみることをおすすめします。当事務所では、顧問契約で事業をされているお客様には、決算前に利益と納税額の見込みをお伝えしています。来期の計算方法を選ぶときも、この見込みが土台になります。
BLOOMでは、設立したばかりの会社のインボイス登録の判断から、毎期の消費税の計算方法の選び方まで、顧問として継続してご相談をお受けしています。顧問料と担当範囲は、法人顧問ページの料金案内をご覧ください。
※本記事の内容は2026年10月時点の制度に基づく一般的な説明です。個別の状況によって取り扱いが異なる場合がありますので、実行前に必ずご確認ください。
よくあるご質問
Q.消費税を納めるかどうかは、会社の利益で決まるのですか？
利益では決まりません。納める義務があるかどうかは、原則として基準期間（法人は前々事業年度）の課税売上高や、インボイスに登録しているかどうかなどで決まります。原則課税の税額も、売上の消費税から仕入れや経費の消費税を差し引いて計算し、役員報酬や給与は差し引けないため、赤字の期でも納付が生じる場合があります。
Q.売上が1,000万円を超えると、2年後から課税事業者になると聞きました。なぜですか？
納税義務を、その期の売上ではなく、基準期間（事業年度が1年の法人なら前々事業年度）の課税売上高で判定するためです。基準期間の課税売上高が1,000万円を超えると、届出をしていなくても、その期は課税事業者になります。ある期の最初の6か月（特定期間）の課税売上高が1,000万円を超えた場合も、その次の期から課税事業者になることがあります（特定期間は給与などの支払額で判定することもできます）。
Q.一度インボイスに登録したら、あとでやめられますか？
やめることはできますが、課税期間の単位で、やめたい期の初日から起算して15日前の日までに届出書を出す必要があります。また、免税事業者が登録した場合は、登録日から2年を経過する日を含む期までは課税事業者のままで、登録をやめても消費税の申告が必要です。売上先の状況を確かめてから決めると安心です。
浅原 健太（あさはら けんた）
税理士（登録番号 第151926号・近畿税理士会 豊能支部）／経営学修士（MBA）｜税理士事務所BLOOM 代表
大阪・池田を拠点に、全国対応（オンライン含む）で法人・個人の税務をサポート。「申告して終わり」にせず、決算前の早い段階で利益・納税額をシミュレーションし、先回りでご提案することを大切にしています。初回のご相談は無料です。